国民党及其支持者认定袁、赵为刺宋幕后主使，掀起反袁声浪，不仅要求二人解职，接受法律裁判，而且通电各国，声明正式总统不能举袁，万不可借款于袁任内。[101]袁世凯之忧心可想而知。1913年4月8日为国会参众两院开幕之期，袁本拟亲赴两院演说，但以宋案发生以来，不能不格外慎重，爰即借口法、美各共和先进国俱无此例，未便独为创举，决定不亲赴院，届时只将宣言书咨送过院，并由总统府秘书长梁士诒向各党说明大总统不能到院之理由。有人提出质疑：去年临时参议院开幕时，袁氏曾亲出席演说，何以不闻援法、美之先例乎？有人则匿笑袁之胆怯，并以调侃语气向梁士诒献策谓：总统何不临时装病，不较冠冕耶？梁但微笑而已。[102]上海某西报记者注意到：袁世凯近日外虽矫为镇定，其实已极仓皇。有谒之者出，言袁见客时，向来精神焕发，目光射于四座，而近十日来，则态度大变，与人谈论时，其目光常注于茶碗之上，且言语或致前后不相应接云。[103]而孙中山也曾向日本驻上海总领事有吉明透露：最近以来，袁氏每日数电前来，一则为其本人之立场开脱，二则请求本人予以推举，本人尚未复其一电。[104]可见袁世凯对于正式大总统之位何等看重，甚至愿意放低身段，请求孙中山支持。
    刺宋案的发生，还严重影响到了列强对民国政府的承认。外人对于承认问题群起研究，以为此事必惹起无穷之纷争，而影响于各国之商务，承认问题将因此起一大阻力。[105]5月1日，参议院本来已得到外交部电话通知，说美国驻华公使将于5月2日上午11时递交正式承认国书，但情况忽然发生变化，美国公使表示因借款及宋案两大问题，南北颇有不稳之象，已发电询之华盛顿政府，须俟回电到后，始能致送国书。[106]
    然而，袁世凯毕竟久经风浪，很快便通过采取一系列措施，抵挡住了宋案造成的冲击，并逐渐由守转攻。
    袁世凯的第一个策略，是将宋案定性为法律问题，而非政治问题，竭力反对国民党人将宋案与政治问题相关联。为此他特别在宋案证据公布后，于5月初发布了关于宋案的通令，强调宋案纯系法律问题，应当依律科断，案外之人不得节外生枝，扰乱政局。令曰：
    刑事案件，应由检察官提起公诉，经由刑事审判，宣告判决。苟非被害者及其利害关系人，决无案外参加之理。前农林总长宋教仁在沪被刺一案，前经上海公共租界会审公堂及法界会审公堂，分别拘犯检证，预审终结，交归中国上海地方检察厅审讯。案中证据亦据江苏都督、民政长有电撮要宣布。其原电所呈国务总理赵秉钧致应犯及洪述祖手书各一件，然一为发给该犯应密电码，一为该犯请领津贴，均属因公，无关宋案，已由该总理通电各省都督、民政长宣布。究竟有无关涉，应由法庭依法判决。教唆主使，国有常刑，无所庸其袒庇，亦无所庸其罗织案外无干之人，更不能互相揣测，谬为诋諆。乃近来迭接各处来电，竟指赵总理为宋案主谋，并称人心愤激，请速诛赵等语。阅之殊堪骇诧。查赵总理致应犯手书二件，初无一语涉宋，未经审判，尚难认为有犯罪嫌疑，即果犯罪属实，刑律既有明条，尽当依律科断，纯系法律问题，何能涉及政治。似此节外生枝，诚恐溷淆观听，扰乱政局。为此明白宣示：宋案现既破获，一经法庭研鞠，有无主谋，自不难水落石出。各该案外之人，毋得飞短流长，借端挑拨，俾昭信谳，而释群疑。将此通令知之。此令。[107]
    国务院亦发表通电，不点名批评国民党人将法律问题混入政治，意图破坏现状，谓：
    此是法律问题，与政治判然两途。好事之徒，不候法律解决，妄生谣喙，直欲使法律混入政治，以遂其破坏之计。又直欲藉一二人暧昧之私，倾覆政府，摇动国本。[108]
    袁氏还借万国改良会会长丁义华即将赴上海参加禁烟讨论会之机，与之会面，向南方国民党传话：
    至于宋案，在余毫不知晓，惟未经法庭，是非未判之前，亦不能任意出入人罪。洪述祖国家毫不袒护，现在与德使交涉。总之共和国本由立法、司法、行政三权组织而成，此事真伪应由立法机关切实调查，司法官厅秉公审断，极盼望早日水落石出，以释群疑，庶免幸灾乐祸之徒乘机煽惑，以致国民涂炭，民国动摇耳。[109]
    而对湖南都督谭延闿、江西都督李烈钧、安徽都督柏文蔚及广东都督胡汉民在宋案及大借款问题上批评政府，袁氏发表通电，严厉斥责，谓为雌黄信口，荧惑人心，又谓宋教仁被刺案现方开审，检查证据，自有专司，非经法庭，无从判决，如不候国会之制裁，与法官之判决，好为逆亿，预蓄成心，侵轶鼎立之三权，淆惑一时之耳目，似此上无道揆，下无法守，人心一失，大命随之，该都督等亦难辞其责任。[110]袁世凯一方之《大自由报》甚至攻击国民党以最卑鄙之手段，最恶劣之心地，藉死人为傀儡，混政治于法律，置正义道德于不顾。[111]
    袁世凯的第二个策略，是对于涉案的洪述祖、应夔丞、赵秉钧采取不同的策略，千方百计予以庇护，尽可能为自己筑起一道防火墙，以免宋案冲击到自己竞选正式大总统选情。